Часовня во имя Святых Апостолов Петра и Павла в Кронштадтском Доковом Адмиралтействе была заложена 12 июля 1909 г. Закончена постройка в феврале 1910 г. Освящение состоялось 2 апреля 1910 г.
Часовня была сооружена в память 200-летия победы под Полтавой, на пожертвования, главным образом, мастеровых и служащих Кронштадтского Докового Адмиралтейства. В 1927 году часовня была частично разобрана, после чего помещение стало использоваться как склад.
Инициатором возрождения часовни выступил Фонд «Кронштадтский Морской Собор». Благодаря поддержке меценатов-благотворителей Виктора Лаптева — председателя Совета Директоров «Арсенал-недвижимость» и Александра Смирнова — директора проекта «Арсенал недвижимость» часовня обрела новую жизнь.
Ускорило работы известие о том, что супруга премьер — министра России, Светлана Владимировна Медведева, проявляющая большую заботу о возрождении православных святынь на своей малой родине, посетила Кронштадт для закладки памятных кирпичей в основание восстанавливаемой часовни. В церемонии также приняли участие Полномочный представитель Президента РФ в СЗФО Александр Беглов, Главнокомандующий Военно-Морским Флотом Владимир Королев, Командующий войсками ЗВО Андрей Картаполов, вице — губернатор СПБ Константин Серов и генеральный директор Фонда «Кронштадтский Морской Собор» Андрей Кононов.
В июле Министр Обороны РФ Сергей Шойгу посетил Кронштадтское Адмиралтейство, осмотрел восстановленную часовню Апостолов Петра и Павла и передал в дар главную храмовую икону. Сергей Кужегетович остался доволен проделанной работой, поблагодарив меценатов за прекрасный подарок морякам и кронштадтцам ко дню ВМФ.
В преддверии празднования Дня ВМФ Адмиралтейство также посетил губернатор Санкт-Петербурга Георгий Полтавченко.
«Ещё некоторое время назад не было ни одного храма, ни одной часовни в городе, где когда-то только православных храмов было больше тридцати. Мало кто в городе знал о святых апостолах Петре и Павле. Мне посчастливилось принять участие в восстановлении кронштадтских святынь. На моих глазах в Кронштадте возрождается духовная жизнь. Не хватает нам духовных ориентиров! Святые Петр и Павел – пример того, как надо любить свою Родину, свой город. А это сейчас – самое важное», — отметил глава Фонда Андрей Кононов.